江户川柯南变回工藤新一之后，江户川柯南这个身份就只能想办法抹掉，毕竟两者不可并存，于是就只能对外宣称江户川柯南是被父母带出国念书了。
少年侦探团的孩子们很难过，毕竟他们连道别都没有。
工藤新一得知之后心里也很愧疚，伤害到三个孩子那稚嫩脆弱的幼小心灵了，于是他就特意准备了三份礼物寄给了少年侦探团的三个孩子，又给他们打了电话，用变声器模拟江户川柯南的声音与他们好好道了个别。
就算以后再也不会见面了，他还是希望江户川柯南能给这些孩子们留下一个美好的印象，就算以后他们长大了，也能由衷的为年幼时有这样一个神奇的小侦探朋友而笑出来。
不过变回工藤新一整体来说还是很快乐的，他可以光明正大的继续回到青梅毛利兰身份，以竹马的身份。
工藤新一还是没忘记继续追查那个组织，但他的父亲工藤优作却警告他，最好不要再继续追查下去了，他已经恢复了正常，再追查下去只会遇到更加不好的事情。
可是追求正义的少年侦探满腔热血未冷，才不管这些有的没的，依旧坚持追查下去。
他根据赤井秀一离开之前告诉他的那些情报消息，想通过对神佑株式会社的调查入手。
不管神佑株式会社现在是组织的一部分还是真的已经脱离了组织，只是在跟组织合作，反正就是跟组织有关系，调查神佑株式会社就能顺藤摸瓜的调查到组织。
但工藤新一想不到的是，他刚刚展开调查就被爱丽丝汇报到长谷川真这里来了。
长谷川真：“……”真是伤脑筋，这家伙大概是忘记了，他在组织那里应该还是一个死人，这么光明正大的现身，组织这边无视他就够给面子了，他居然还主动往上凑！
于是长谷川真就给了工藤新一一个机会，让他这个偶尔会法外狂徒的名侦探悄悄潜进神佑株式会社总部大楼调查那所谓与组织之间的交易证据。
工藤新一非常天真的以为自己拿到这份交易证据，就能将其交给警察，能够对组织或者是神佑株式会社造成威胁。
长谷川真任由工藤新一拿到这份交易流水，在工藤新一以为一切顺利的时候，昏暗的办公室忽然开了灯，他的身后站着一个高大的黑发青年。
工藤新一吓得下意识就要去摸自己的足球腰带和麻醉针手表，然而他的手刚动就听见屋子里的另一个人的声音响起：“别白费功夫了，我有保护罩，你的这些攻击手段对我没用。”
长谷川真微笑着走到刚刚才被工藤新一搜查过一遍的办公桌后面坐下，双手交叉抵在下颌处，用好奇的目光看着工藤新一：“你来偷我们公司的交易流水清单有什么用吗？”
工藤新一沉默不语，用警惕的目光盯着长谷川真，心中想着怎么逃走。
长谷川真也不在意他的沉默，继续说道：“我们公司是合法经营，那些交易流水清单是查不出分毫的违法证据的，毕竟前不久公安警察才刚从我这里辞职离开，他在辞职之前这些可都是属于他的工作，他亲自经手都查不出什么问题来，你该不会以为你偷走的这些东西能查出什么吧？”
工藤新一神色冷漠的说道：“只要是犯罪，必然会留下犯罪证据。我迟早会找到你们的犯罪证据，让警察把你们都抓起来的！”
工藤新一看不惯自己认定的犯罪分子在自己面前这么猖狂的宣布自己是完美犯罪。
长谷川真感觉到工藤新一对自己刷刷下降的好感度，他挺纳闷的，非法入室盗窃的人不是对方么？为什么工藤新一反而比自己看起来更正义呢？
长谷川真挠了挠脸颊，奇怪的问道：“明明是你非法入室盗窃我们公司机密，怎么一副反而我才是罪犯的态度啊？我一个本本分分的商人，哪里得罪你了吗？”
工藤新一直接喊出了他的代号：“拉菲，你的代号是这个没错吧？”
长谷川真脸上露出了厌恶的表情：“哦，你也知道这个讨厌的代号啊！不管你是从组织那边知道的，还是从官方那边知道的，反正以后不准再叫我拉菲了，我讨厌这个代号！”
今天依旧在坚持人设的长谷川真冷着脸：“如果你再让我听见这个代号，我就报警抓你了，毕竟你就算是侦探，也没资格非法潜入他人的公司盗取公司机密文件吧！到时候你的父母再怎么有关系，他们也捞不出你。樱花国警察的救世主因为非法入室盗窃机密入狱，简直是今年的年度大新闻啊！”
工藤新一露出了豆豆眼，他作为侦探为了调查线索证据，没少做一些踩线的事情，非法入室也不是一次两次了，但每次都能轻松解决，无人追究，从来没想过竟然有人会拿这方面对他上纲上线。
但顺着长谷川真的威胁去想一下，还真的很有可能，毕竟长谷川真可是世界首富，他要是发话了，再加上工藤新一真的有做出盗窃机密文件的事情，还被抓个现行，这事可能就……
工藤新一心中有些懊恼，自己还是想得太简单了，这种事情就该交给专业人士来办。
是吧，基德堂弟。
（已经找回老爸怒而卸载基德账号的黑羽快斗打了个喷嚏：有种不祥的预感）
不过工藤新一也从长谷川真的话里听出了对方似乎是真的很讨厌拉菲这个代号，连带着也很讨厌组织，再想到赤井秀一曾经给他提供过的情报内容，他忍不住问道：“长谷川社长，请问您真的跟那个组织有合作吗？那种跨国犯罪组织非常危险，您被盯上之后应该报警，与官方警察联合起来铲除那种危险组织，才能保障您的安全。”
长谷川真笑了起来，淡淡的说道：“真是个天真的小鬼啊！如果那个组织真的能轻松被铲除，那么你觉得官方机构为什么还要派那么多精英特工去卧底呢？你知道吗？我在组织里为了挑一些性情好的组织成员来我的公司为我工作，结果随随便便就挑到了五个卧底！分别有樱花国公安卧底两个、FBI卧底一个、CIA卧底两个，我只是随便挑几个就几乎全是卧底，剩下的那些组织成员里又究竟有多少卧底呢？我都怀疑那个组织里卧底比真正组织成员数量都多了，但即便如此，组织依旧屹立不倒，你猜是什么原因？”
工藤新一瞪大眼睛，万万没想到还有这么回事！
随便挑几个组织成员，竟然就有五个卧底！
工藤新一问道：“你总共挑了多少个组织成员？”想算一下卧底概率。
长谷川真淡淡的回答道：“六个。”再加上一个宫野明美。
工藤新一震惊到不敢置信，这简直就是六分之五的卧底概率啊！这么浓的卧底成分，那个组织居然还没被解散吗？
长谷川真轻笑一声，问道：“你现在知道那个组织的危险性了吗？”
工藤新一终于意识到那个组织为什么这么难以铲除了，派了那么多的卧底进去都铲除不了，他可不觉得自己在组织之外调查的这些情报能比得上那些卧底们深入潜伏调查到的情报多，也不觉得自己在外面搜集到的组织犯罪证据能比得上卧底们九死一生搜集到的犯罪证据多。
可即便如此，那个组织依旧屹立不倒。
长谷川真单手支颐，看着工藤新一眨巴眼睛，问道：“不过我很好奇，你，工藤新一，在组织里应该是个死人，你这么光明正大的重新出现，不怕被组织知道之后派人来暗杀你和你身边的人吗？”
虽然真正知道琴酒曾经把工藤新一灭口的人只有那么寥寥几个，还都被玩家封口了，就连琴酒本人都不会再追杀工藤新一了。
但是按理说工藤新一应该不知道这件事啊，那他怎么还能这么心大的继续用工藤新一的身份破案查案呢？
工藤新一顿时呆住了，糟糕，他把这件事给忘记了！
因为他一直以江户川柯南的身份行动，从来也没遮遮掩掩过，所以变回来之后也没意识到，工藤新一原来是不可以在公众场合随便现身的，被组织知道他还活着，麻烦就大了。
但不知道为什么，他就是莫名其妙的失去了这部分的警惕心，直到长谷川真提醒他，他才想起好像还有这么回事。
工藤新一脑子都快运转得干烧了，他自己还没从江户川柯南身份里脱离出来，忘记了这一茬，但他老爸怎么也没提醒他啊？
他当初刚刚变回来就兴奋的跑去帮目暮警部破了个案子，那个案子貌似还上了新闻报道，他老爸工藤优作当时在国内的，怎么一句也没提醒他？
工藤新一表情凝重了起来，不对劲，老爸的态度不对劲！
工藤新一压下心头的疑惑，看向长谷川真，问道：“长谷川社长应该是不打算告发我吧？”