当然，除了这些之外，尤里最看不过眼的，还是日益败坏的军纪以及总司令部对日本战犯的处理意见。
军纪不用说了，在这一点上，尤里甚至都没看出美国的军队有什么军纪可言。
当然，尤里并不是认为美军作战不行，相反，他对美军在作战中的战斗力还是非常认可的，也知道美军在训练中非常的艰苦，但是在日常里，这支战斗力强悍的部队似乎就换了一个样子，他们的散漫、随心所欲，简直令人瞠目结舌。
在东京的一段时间里，尤里已经两次看到有美军士兵在大街上裸奔了，至于打架这种事，更是司空见惯的，如果放在苏军中，这样的士兵早就被拖出去枪毙了。
当然啦，苏军驻日部队的军纪也好不到哪去，同样也是吃喝嫖赌无所不为的，而远东方面军的军事委员会似乎对此也视若不见了，东京似乎就成了渣滓部队的集中营，尤里很担心这些部队在东京呆上一段时间之后，还有没有所谓的战斗力存在。
……
八月份的东京酷热难耐，潮湿的空气粘稠而酸臭，似乎每一个氧气分子里都带着腐臭的味道，令人难以忍受。
在天皇御所广场正对面，一栋残存的大楼孤立在那里，楼前清理出来的停车场内，停满了各种各样的车，其中最多的还是军用吉普车，环绕着这栋大楼，美军第九集团军一部设立了严密的封锁线，严禁任何没有通行证件的人进入。
这栋大楼原本属于日本第一生命保险公司，但是如今被最高司令官总司令部所占用，麦克阿瑟的办公室就在这里，当然，尤里的办公室也在这里。
作为总司令部的副总司令，尽管尤里在这里呆不久，但仍旧有属于他的一份工作。
在工作分工上，麦克阿瑟凭借着自己占据的优势，将那些重要的工作都揽在了自己的手里，包括：经济机构改革，也就是对财阀资产的没收工作；对政府机构的改革，也就是就有机构的废止、新机构的组建工作；公民权的恢复工作，包括释放政治犯、废除秘密警察这些事情；非军事化的工作，也就是解散军队和国民义勇军、销毁各种武器的工作等等等等。
而作为副总司令，尤里需要负责的工作都是那些既麻烦又看似不很重要的工作。比如说铲除神道教的工作，再比如说修改日本现行宪法的工作，还有组建远东检察厅，清洗军国主义分子的工作。
这些工作明显是不那么容易做的，很容易惹来麻烦。
不过尤里倒是不在乎这些，对他来说，这反倒是一些很不错的工作。但麻烦的是，这些工作的具体执行人却都是美国人，比如说铲除神道教的工作，麦克阿瑟安排了第九集团军司令艾克尔伯格来协助他，而修改日本宪法以及清楚军国主义分子的工作，却安排了考特尼·惠特尼准将来协助他。
换句话说，尤里可以下达相关的命令，但命令的执行人却都是美军将领，相应的命令能执行到什么程度，真是连他自己都不知道。
不过，尤里也不是那么好说话的，面对美国人的掣肘，他直接给麦克阿瑟打了一份报告，告诉他，要嘛把艾克尔伯格与惠特尼两人解职，让他们滚蛋，要嘛他就准备召集联军总司令部工作会议，将目前他所面临的问题拿到各国代表会上去讨论。
随着日本各项工作的展开，麦克阿瑟本人面临的压力其实也非常大。如今远东军事法庭还没有组建起来，远东委员会也没有戳摊子，具体与总司令部对口处理战犯问题的，是远东咨询委员会，这个委员会是由11国代表组成的。
现如今，11国代表已经就组建远东军事法庭的问题达成了协议，澳大利亚人韦伯被确定为审判长，而首席检察官是美国法学家基南。
在远东咨询委员会内部，包括中国、苏联、澳大利亚、新西兰等六个国家的代表，都认为应该将日本天皇作为战犯加以审判，中、澳、新三方的代表，甚至认为目前担任着日本首相职务的东久迩稔彦也应该被作为战犯接受审判，因为他加入了对中国的侵略战争，并且指挥了徐州会战。
麦克阿瑟企图为日本保留天皇制的计划，在美国人眼里也是不可理解的，作为首席检察官的美国人基南，就在美国媒体面前对麦克阿瑟大加嘲讽，而澳大利亚人韦伯更是当着麦克阿瑟的面质问他，既然手下人都是战犯，都要接受审判，作为主子的天皇该怎么办？
这一切的一切，都给麦克阿瑟造成了很大的压力，迫使他在一些问题上，不得不与尤里合作，甚至是做出某种程度上的妥协，因为事实是，如果苏美两方的代表达成了协议，别的国家的代表一般都选择忍气吞声。
最终，艾克尔伯格的第九集团军被转调去销毁没收的日军武器，而惠特尼准将则被任命为民政局的局长，却负责民政局方面的工作了。至于配合尤里工作的人，则换成了苏联一方的代表。不仅如此，为了能够保证相应的工作强有力的执行下去，在麦克阿瑟的批准下，尤里又通过扎赫瓦塔耶夫中将，从第三十五集团军将第66、78两个步兵师调动到了东京。
八月六日，作为总司令部副总司令的尤里，下达了上任近两个月来的第一道命令，即在全日本推行去神道教工作，所有与神道教相关的宣传品、标志物、宗庙、纪念碑以及节日，都严格予以销毁、取缔。在这道命令中，尤里将神道教定性为日本军国主义的思想根基，认为日本的军国主义者，正是利用这一宗教煽动日本国民狂热的民族主义情绪，鼓吹以日本为中心，建立以神道教为统治思想的所谓大东亚共同圈。因此，神道教就一门邪教，必须予以根除。
为了将这道命令彻底的贯彻下去，尤里还补发了一道命令，将东京的靖国神社列入必须拆毁的神道教道场，并决定在拆毁这处宗庙之后，在原址上修建一个“第二次世界大战太平洋及东亚战场遇害者纪念碑”。
这道命令下发之后，还未经正式公布，就被《每日新闻》报给曝光了出去，一时间，在日本国内引发了轩然大波，连续几天，靖国神社外都聚集了数以千计的东京市民，他们发动了声势浩大的靖国神社毁坏阻止行动，反对总司令部执行这道命令。
与此同时，日本内阁也对这道命令表达了明确的反对态度，日本外务大臣吉田茂、国务大臣松本烝治、宪法改正委员会会长芦田均等日本政界的要员，连续几天频频拜会尤里，希望说服他收回这道命令，但均未能如愿。
不过，尤里一如既往表现的异常强硬，半步不肯退让。在这件事上，他能够得到来自11国代表中超过半数的支持，同时，作为美方的代表，麦克阿瑟显然也没有阻止的意思。
其实，尤里明白麦克阿瑟的打算，他之所以在这件事保持沉默，就是因为看到了尤里这道命令会引发很大的问题，基于东京的民怨沸腾，强行拆除靖国神社的话，多半会引发流血冲突，从而造成舆论上的风波。
但即便是明白这一点，尤里也没有任何的忌惮，说实话，可能对麦克阿瑟来说这个总司令的职务很重要，可对他来说，尽早离开东京，返回莫斯科，才是最好的选择……他已经两个月没在斯大林同志面前露面了，远离莫斯科，却在东京担任这么一个不疼不痒的职务，尤里真是半点兴趣都没有。
如果说拆除靖国神社这件事，真的引发了流血冲突，那又能怎么样？最坏的结果，无非就是被解除这个总司令的职务，让他回莫斯科去罢了，这正是他想要的结果。更何况，靖国神社内还供奉着日俄战争、诺门罕战役时期日本战死的家伙们，那位东久迩稔彦亲王，几天前还主持了什么“临时大招魂祭奠”，将几十万在中国东北战死、被俘的关东军军将牌位供奉了进去，尤里可以肯定，为了这事，斯大林同志怎么也不可能处分他的。在如今的苏联，斯大林同志才是地位最高的大俄罗斯沙文主义者，他对当初日俄战争的失败，尤其是随后日本对苏维埃新政权的一系列敲诈行为，真的是记忆犹新啊，类似这样的报复，相信他老人家会喜欢的。
于是，就在尤里的坚持下，八月十二日，苏军出动六辆坦克，配属以两个营的兵力，对靖国神社进行了强制拆除。拆除行动的过程中，聚集在神社附近的请愿者，与执行任务的苏军士兵发生了冲突，最终导致十二人死亡、近三百人受伤，同时还有数百人被强行逮捕。
流血事件在国际上引发了轩然大波，尽管各方的反应不一致，但尤里还是在随后的第二天被解除了副总司令职务，取代他的将会是铁木辛哥。